A insígnia do IPEAFRO traz a máscara africana criada por Santa Rosa, em 1944, como símbolo do Teatro Experimental do Negro, ao lado do símbolo do quilombismo, criado em 1980 por Abdias Nascimento. Invoca Exu, princípio da comunicação, da contradição e da dialética, e Ogum, desbravador das fronteiras cósmicas que preside as conquistas tecnológicas. A logomarca assim representa a síntese dinâmica entre presente e passado que o Ipeafro vive, orientado pelo princípio Sankofa.